La colección del MASM es el resultado de la idea de conservar las obras que se habían retirado del culto para poder documentarlas, investigarlas y difundirlas para asegurar su preservación.
A pesar de que la mayoría de obras del MASM tienen una procedencia, iconografía y uso religioso, su colección es heterogénea, ya que contiene un importante conjunto de procedencia arqueológica, artes decorativas, piezas de valor etnográfico y curiosidades, la mayoría de las cuales provienen de donaciones particulares. En este sentido, resulta especialmente importante la donación de la condesa Séguier, viuda de un diplomático francés establecido en la Isla, la cual enriqueció el fondo del Museo. También hay una parte de la colección que proviene del Museo Arqueológico Luliano y del Museo Arqueológico Capitular.
